马耳他加入欧盟后，马耳他的税收制度受到了欧盟委员会的严格审查，此后被批准为完全合规。马耳他在公司层面和个人层面均拥有有利的税收制度，并且与包括英国，美国和中国在内的多个国家签署了70多项双重征税协议。
无论个人或商业实体在马耳他从事商品进口（从欧盟以外的国家进口），均须缴纳进口税费。所有进口税费全部以货运价值，即到岸价格（CIF）计算。
马耳他关税税率基本在0%（如书籍）和17%（如威灵顿长筒靴）之间。某些商品，如笔记本电脑、手机、数码相机和游戏机主机都免征关税。特定商品可能须征收附加税，根据原制造国来计征，如中国制造的自行车须征收额外48.5%的反倾销税。
马耳他标准增值税税率为18%，特定商品如书籍享受5%的优惠增值税税率。增值税=增值税税率×（CIF价+进口关税）。
马耳他进口税费设起征点，进口商品货值（FOB)不超过150欧元，免征关税；进口商品货值（FOB)不超过22欧元，免征增值税。
消费税：针对特定商品如烟草制品征收的税费。 附加海关费：针对进口商品在海关过关时必须履行的检查、检验、检测而征收的费用。
迄今为止，只有极个别的国家是免去了全球征税的，很多国家都对自己的公民和永居人群有着全球税款缴纳的要求和相关制度，如中国、加拿大、美国等。而马耳他却只对在本国累计居住时长超183天的税务居民有交税要求，但并不是所有的收入都需要缴纳税款，只需按税率上交当地收入的税款就行了。
关于遗产税，马耳他基本上是不对后代所取得的遗产采取征税的。有两种情况是必须交税的：逝者把生前的房产或公司遗留给后辈，不征收遗产税，但需要缴纳房产市值的 5%转让费。公司资产遗留给后代，根据公司有无房产转让税率不同。无房产税率为2%，有房产税率为5%。
报税时间
报税时间为每年3月31日或上一财务年度结束后9个月内，以较早的时间为准。但在年初需向税务部门报送FS3和FS7表。例如2020年2月15日前需上报2019年全年的FS3和FS7表。
报税渠道
向国内财税局申报。人数少于30人的中小企业可选择人工报税或采用电子报税。人数超过30人的企业要求电子报税。电子报税方法有二：一是通过该局网站进行网上报税；二是填写规定的电子表格并刻制成光盘后寄至该局。
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